MOLDEN

Molden adalah software kimia alternatif dalam Linux yang merupakan  program pengolahan molekul dan struktur umum.

Molden adalah paket untuk menampilkan kepadatan molekul dari ab initio GAMESS-inggris, GAMESS-As dan Gaussian dan semi empiris paket Mopac / Ampac. Molden juga mendukung sejumlah program lainnya melalui Format Molden. Molden membaca semua informasi yang diperlukan dari GAMESS / Gaussian outputfile. Molden mampu menampilkan orbital molekul, kepadatan electron dan kepadatan molecular minus densitas atom.

Molden mendukung plot 3-d grid dengan garis tersembunyi dan kombinasi keduanya. Dapat menulis berbagai instruktur grafis; postscript, XWindows, VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, HPGL, hp2392 dan Gambar. Kedua Windows dan versi OpenGL dari Molden juga mampu mengimpor dan menampilkan chemx, PDB, dan berbagai mopac / ampac file dan format lainnya. Molden juga dapat menghidupkan jalur reaksi dan getaran molekul. Molden juga dilengkapi dengan program yang berdiri sendiri forcefield ambfor, yang dapat mengoptimalkan geometri dengan Amber gabungan (protein, medan gaya Gaff (molekul kecil).

Molden hampir sama dengan Jmol, fungsinya adalah untuk menampilkan dalam bentuk 3D. Molden sangat powerful terutama dengan z-matrik editornya. Saat ini molden didistribusikan untuk keperluan akademik. Molden dapat digunakan untuk memvisualisasi hasil perhitungan dari GAUSSIAN. Molden dapat di download di ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.0.tar.gz. Untuk meng-compile molden ada beberapa paket program yang harus diinstall terlebih dahulu. Bagi para pengguna setia Debian dan turunannya seperti Ubuntu dapat menggunakan perintah apt-get install untuk menginstall program-program berikut ini : gfortran libX11-6 libX11-dev libgl1-mesa-glx libgl1-mesa-dev build-essential mesa-common-dev libglu1-mesa-dev libxmu-dev makedpend xutils-dev wget. Selanjutnya tinggal mengekstrak folder molden lalu edit makefile, samakan dengan platform komputer yang kita gunakan. Terakhir compile dengan perintah make. Jika proses ini berhasil akan ada file ekskusi molden, gmolden, ambfor dan surf.

sumber : http://en.wikipedia.org/wiki/Molden , http://www.cmbi.ru.nl/molden/ , http://neax502.wordpress.com/2011/06/08/software-kimia-alternatif-di-gnulinux/