GAMESS

Sebuah software kimia alternatif dalam Linux

The General Atomic and Molecular Electronic Structure System (GAMESS) adalah program struktur ab initio. Versi terbaru dapat melakukan ikatan valensi umum, multikonfigurasi, Möller-Plesset, coupled-cluster, dan perhitungan interaksi konfigurasi. Tersedia Geometri optimasi, frekuensi getaran, sifat termodinamika, dan solusi pemodelan. Ia melakukan dengan baik pada shell sistem terbuka dan keadaan tereksitasi dan dapat model efek relativistik. Gamess dapat digunakan untuk menghitung Vibrasi, UV/VIS, Raman dll. Metode analytic gradient juga tersedia untuk otomatisasi proses optimasi geometri, perhitungan vibrasi, mencari keadaan transisi, menghitung sifat-sifat molekular seperti muatan atom dll.

Kerja dari software ini hampir sama dengan HyperChem ataupun Gaussian 03 yaitu untuk melakukan perhitungan kimia komputasi. Level teori yang tersedia di GAMESS, meliputi HF (RHF, ROHF,UHF), DFT, MP2 dan CCSDT. Dua level teori ini tidak tersedia di HyperChem. Saat ini GAMESS didistribusikan untuk keperluan dunia pendidikan. Selain versi GAMESS windows juga terdapat GAMESS untuk Linux dan Macintosh, nah untuk mendapatkan GAMESS harus mengisi formulir dulu di sini http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/GAMESS.html.

GAMESS User's Guide (DOWNLOAD DI SINI)

atau masuk ke situs resmi GAMESS

sumber : http://www.osc.edu/supercomputing/software/apps/gamess.shtml , http://neax502.wordpress.com/2011/06/08/software-kimia-alternatif-di-gnulinux/

ACD Labs

Terdiri dari 3 program, yaitu ChemSketch, 3D viewer, dan ChemBasic.

ACD/ChemSketch bertujuan untuk menggambar molekul kimia dan paket grafis dari ACD/Labs yang dikembangkan untuk membantu ahli kimia dengancepat dan mudah menganalisa molekul, reaksi dan diagram skematik, menghitung sifat-sifat kimia dan design laporan dan persentasi secara professional. ACD / ChemSketch Freeware adalah software yang dapat berguna untuk menggambar bahan kimia yang popular dan komprehersif yang dimaksudkan untuk computer pribadi atau oendidikan saja. Sejak tahun 1998, ACD / Labs telah disediakan freeware ChemSketch ke > 330 lembaga akademis di seluruh dunia. Setiap hari lebih dari 500 download dari situs Web ACD / Labs. Diantara banyak fitur lainnya, produk ini menawarkan penamaan kimia IUPAC (sampai dengan 50 atom fungsional); prediksi log P; pembuatan komprehersif; tautomer; membuat struktur 2D, 3D dan optimasi melihat; menggambar polimer, organometal, dan struktur Markush; dan serta akses ke Web mesin pencari kimia PubChem, eMolecules, dan ChemSpider.

ACD/3D viewer adalah pemodelan 3D yang cepat dan akurat untuk program visualisasi. Hal ini sepenuhnya terintegrasi dengan ACD/ChemSketch, yang memungkinkan Anda menggambar struktur 2D dan 3D dengan cepat memperoleh representasi mereka dalam menampilkan 16 warna yang mencolok.

ChemBasic adalah bahasa pemrograman yang sederhana, nyaman dan fungsional untuk presentasi dan manipulasi struktur molekul, dan hal-hal yang terkait lainnya. ChemBasic didasarkan pada dan sepenuhnya terintegrasi dengan fungsi ACD/Labs yang ada. Pada saat yang sama, ChemBasic memiliki semua bahasa pemrograman dengan syarat, harus memiliki; variable n umerik dan string, array, kontrol aliran dan operatorkondisional, input / output prosedur, dll (Freeware untuk tujuan pendidikan saja) 

ChemSketch: A Guide to Drawing Chemical Structures (DOWNLOAD DI SINI)

sumber : http://download.cnet.com/ACD-ChemSketch-Freeware dan http://planet.qwords.com

BlankOn Sajadah

BlankOn Sajadah adalah salah satu racikan (varian) BlankOn Linux yang memuat berbagai perangkat lunak Islami. Paket-paket yang disertakan antara lain pengingat waktu sholat, arah kiblat, Al Qur'an dan terjemah, tartil Qur'an, pembaca hadist dan Kalender Hijriyah. BlankOn Sajadah sudah mengeluarkan 2 versi rilis yaitu BlankOn Sajadah 6.0yang berbasis Ombilin pada tahun 2010 / 1431H dan kali ini merilis BlankOn Sajadah 7.0 yang berbasis BlankOn 7.0 Pattimura

Fitur

BlankOn Sajadah 7.0 Pattimura ini mempunyai fitur dasar yang disertakan dalam BlankOn 7.0 Pattimura edisi regular, Aksara Nusantara, Chromium, Stardict, BlankOn Panel, ditambah dengan Fitur khas Islami seperti:

QiLO - Al Quran di LibreOffice,

Zekr - Al Qur'an terjemah dan suara tartil daring dan luring - online/offline,

Othman Quran dan Noor - Peramban Al Quran

Minbar - Pengingat waktu sholat,

Peramban Internet Chromium

Peramban Internet Firefox

Stellarium - aplikasi melihat tata surya / planetarium dan alat peraga rukyatul hilal,

Dukungan penulisan huruf arab,

DNS Nawala - DNS Penyaring domain berkonten negatif,

Hijra - Kalender Islam,

Monajat - Aplet penampil Doa-doa,

Thawab - Ensiklopedi dan penampil ebook hadis dan kitab,

Hadis-Web 4 - Kumpulan hadis hadis Bukhori, Muslim dll

Tangkapan Layar

Unduh

Untuk bisa mendapatkan cetakan CD BlankOn sajadah silahkan melalui cermin resmi BlankOn Linux, dengan mengikuti tautan berikut: Unduh BlankOn Sajadah.

Cermin-cermin Unduh

http://kambing.ui.ac.id/pub/blankon/blankon-sajadah/rilis/

http://buaya.klas.or.id/pub/blankon/blankon-sajadah/rilis/

ftp://dl2.foss-id.web.id/iso/blankon/blankon-sajadah/rilis/

Kumpulan Materi dan e-book kimia komputasi

Materi Kimia Komputasi

Praktikum Kimia Komputasi I

Praktikum Kimia Komputasi II

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI I: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 2: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 3: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 4: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 5: Oleh: Prof Harno D Pranowo

MATERI WORD KIMIA KOMPUTASI: oleh: Prof Harno Pranowo

Materi Kimia Komputasi II: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Kumpulan Jurnal Kimia Komputasi

PowerPoint Computer Modeling

PowerPoint Metode QMMM 1

PowerPoint Metode QMMM 2

PowerPoint Metode QMMM 3

Terjemahan Metode QMMM Hyperchem

Interaction of cysteine with Cu2+

Download Buku Kimia Komputasi Gratis

Introduction to Computational Chemistry

Frank Jensen, Second Edition

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 6

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 9

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition NEW

Computational Chemistry Introduction to the Theory and Applications of Molecular and Quantum Mechanics, Errol Lewars

Computational Chemistry and Molecular Modeling K.l.Ramachandran, G.Deepa, K.Namboori

Computational Chemistry, David C, Young

Molecular Modelling Principles and Applications Andrew R.Leach, Second Edition

Modelling Molecular Structures, Alan Hinchliffe, Second Edition 

Practical Aspects Of Computational Chemistry Jerzy Leszczynski. Manoj K. Shukla

High Performance Computing in Chemistry (NIC),Johannes Grotendorst

Computational Chemistry David C Young

A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations Warren J.Hehre

Ab Initio Molecular Dynamics Dixminik Marx and Jung Hutter

Adsorption and Diffusion in Zeolites A Computational Study Thijs Joseph Henk Vlugt

Panduan Penggunaan Gaussian 03

Dictionary of Chemistry 


Sumber: http://faijalchemistry.blogspot.com/2010/05/download.html

Pengkonversi mol dan massa zat (ChemTool)

ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalih bahasakan ChemTool ini.

Ini adalah bentuk aslinya:





Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya:

Kalau berminat (meskipun tidak begitu penting) silahkan unduh dari sini (file xlsx) 13,5 KB.

Saya kira file ini akan dikembangkan lebih lanjut, sebab sudah banyak yang menggunakan spreadsheet untuk digunakan dalam pengajaran kimia seperti yang ditulis di blog ini: Mengembangkan Simulasi Matematika untuk Kimia dengan Excel.

Sumber: http://urip.wordpress.com/2011/06/08/chemtool-pengkonversi-mol-dan-massa-zat-dari-chempup/

Istilah-istilah dalam Kimia Komputasi

Beberapa istilah dalam kimia komputasi :

• Molecular modeling merupakan suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan. (Leach, 2001).

• Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul.Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil. (Funkhouser, 2007).

• Molecular Operating Environment (MOE) dikembangkan Chemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan.

• OV (Orbital Viewer) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan orbital atom dan molekul, membuat animasi maupun untuk melihat penampang lintang (struktur dalam) orbital. Dapat pula dibuat gambar 3D (yang dapat dilihat dengan kacamata 3D sperti yang digunakan untuk melihat sinetron 3D). (Modul Struktur dan Kereaktifan Kimia Anorganik, Dr. Ismunandar)

• ab initio berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis, seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born Oppenheimer approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial. (PENGANTAR KIMIA KOMPUTASI, Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si)

• Kimia kuantum adalah sebuah aplikasi mekanika kuantum pada kimia. Kimia kuantum memungkinkan kita untuk memahami dan memprediksi struktur, sifat dan mekanisme reaksi dari berbagai bahan.

• BS (Balls & Sticks) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) di dokumen pengolah kata (Word misalnya).
• Mekanika Molekul merujuk pada penggunaan mekanika Newton untuk memodelkan sistem molekul. Pendekatan mekanika molekul secara luas diterapkan pada penemuan struktur molekul yang teliti, simulasi dinamika molekul, simulasi Monte Carlo, dan simulasi doking ligan.
• Visualisasi data adalah proses menampilkan informasi dalam jenis representasi piktorial atau grafis. Sejumlah program komputer yang sekarang tersedia untuk menerapkan skema pewarnaan data atau bekerja dengan tiga dimensi representasi.

• Orbital Gaussian atau Gaussian type orbitals (GTOs) adalah fungsi matematika yang menyatakan orbital atomdalam perhitungan orbital molekul. Istilah ini umum digunakan dalam kimia komputasi (kasmui)

• Pemodelan solid state

  Struktur elektronik dari kristal tak terbatas didefinisikan oleh struktur plot band, yang memberikan energi orbital elektron untuk setiap titik di k-ruang, yang disebut zona Brillouin. Sejak ab initio dan perhitungan semiempirical hasil energi orbital, mereka dapat diterapkan untuk band perhitungan struktur. Namun, jika memakan waktu untuk menghitung energi untuk molekul, itu bahkan lebih memakan waktu untuk menghitung energi untuk daftar poin di zona Brillouin.
  perhitungan struktur Band telah dilakukan untuk sistem yang sangat rumit, namun perangkat lunak belum cukup otomatis atau cukup cepat sehingga siapa pun tidak struktur band santai. Jika Anda ingin melakukan perhitungan struktur band, Anda sebaiknya berharap untuk menempatkan banyak waktu dalam usaha Anda.

• Bagaimana melakukan proyek riset komputasi

  Bila menggunakan kimia komputasi untuk menjawab pertanyaan kimia, masalah jelas adalah bahwa Anda perlu tahu bagaimana menggunakan perangkat lunak. Permasalahan yang terjawab adalah bahwa Anda perlu untuk mengetahui seberapa baik jawabannya akan menjadi. Berikut adalah daftar periksa untuk diikuti.

• Kecerdasan Buatan

  Teknik diciptakan oleh ilmuwan komputer tertarik dalam kecerdasan buatan telah diterapkan sebagian besar berupa rancangan obat dalam beberapa tahun terakhir. Metode ini juga pergi dengan nama De Novo atau desain obat rasional. Skenario umum adalah bahwa beberapa situs fungsional telah diidentifikasi dan diinginkan untuk datang dengan struktur molekul yang akan berinteraksi dengan situs bahwa untuk menghalangi fungsi itu. Daripada memiliki seorang ahli kimia mencoba ratusan atau ribuan kemungkinan dengan program mekanika molekul, mekanika molekul dibangun ke dalam program kecerdasan buatan, yang mencoba jumlah besar “masuk akal” kemungkinan dalam fasion otomatis. Jumlah teknik untuk menggambarkan “cerdas” bagian dari operasi ini begitu beragam yang tidak mungkin untuk membuat generalisasi tentang bagaimana hal ini diimplementasikan dalam program.

• Perhitungan Simbolik

  perhitungan simbolik dilakukan bila sistem yang terlalu besar untuk sebuah deskripsi atom-by-atom masih layak pada setiap tingkat pendekatan. Sebuah contoh mungkin gambaran membran dengan menjelaskan lipid individu sebagai perwakilan beberapa poligon dengan beberapa ekspresi untuk energi interaksi. Pengobatan semacam ini digunakan untuk biokimia komputasi dan bahkan mikrobiologi.

• Struktur-Properti Hubungan

  Struktur-properti hubungan yang kualitatif atau kuantitatif didefinisikan secara empiris hubungan antara struktur molekul dan sifat diamati. Dalam beberapa kasus ini mungkin tampak duplikat hasil mekanik statistik, namun sistem struktur-properti hubungan tidak perlu didasarkan pada prinsip-prinsip teoritis ketat.
  Kasus yang paling sederhana hubungan struktur-properti aturan jempol kualitatif. Misalnya, kimia polimer yang berpengalaman mungkin dapat memprediksi apakah polimer akan halus atau rapuh berdasarkan geometri dan ikatan monomer.
  Ketika struktur-properti hubungan yang disebutkan dalam literatur saat ini, biasanya menyiratkan hubungan matematis kuantitatif. Hubungan ini paling sering diperoleh dengan menggunakan software curve fitting untuk menemukan kombinasi linear dari sifat molekul, yang paling mereproduksi properti yang diinginkan. Sifat-sifat molekul biasanya diperoleh dari perhitungan pemodelan molekul. deskriptor molekul lain seperti berat molekul atau deskripsi topologi juga digunakan.
  Ketika properti yang dijelaskan adalah properti fisik, seperti titik didih, ini disebut sebagai Kuantitatif Struktur-Properti Relationship (QSPR). Ketika properti yang dijelaskan adalah jenis aktivitas biologis (seperti aktivitas obat), ini disebut sebagai Kuantitatif Struktur-Aktivitas Relationship (HKSA).
  Sumber: http://kasmui.blog.com/archives/981/

Manfaat HyperChem

HyperChem dapat digunakan untuk menentukan beberapa sifat struktur antara lain :

· Stabilitas relatif dari beberapa isomer

· Panas pembentukan

· Energi aktivasi

· Muatan atom

· Beda energi HOMO-LUMO

· Potensial Ionisasi

· Afinitas elektron

· Momen dipol

· Tingkat energi elektronik

· Energi korelasi electron MP2

· Energi keadaan tereksitasi CI

· Sifat dan struktur keadaan transisi

· Energi interaksi non-bonded

· Spektra serapan UV-VIS

· Spektra Absorpsi IR

· Pengaruh isotop pada vibrasi

· Spektra serapan IR

· Efek Collision pada sifat struktur

· Stabilitas dari kluster

Simulasi

· Interaksi Docking

· Pengaruh temperatur pda gerakan molekul

· Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika

· Interaksi intermolekular pada kluster

Fungsi hyperchem itu sendiri adalah :

1.      Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.

2.      Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.

3.      Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB)

4.      Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.

5.      Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.

6.      Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.

Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.

7.      Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.

8.      Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.

9.      Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.

Sumber : http://adesuherman09.student.ipb.ac.id/files/2010/12/BAB-1-Mengenal-HyperChem.doc